שורשי תנועת הקיבוץ הדתי נטועים ב"ברית חלוצים דתיים" (בח"ד) – תנועה שנוסדה בגרמניה על ידי צעירי המזרחי, ובתנועת הנוער הציונית-דתית בפולין, "השומר הדתי - בני עקיבא". תנועות שדגלו ברעיון "תורה ועבודה", ופעלו במסגרת "הברית העולמית של תנועת תורה-ועבודה" . חברי התנועות התארגנו באירופה בקיבוצי הכשרה ועלייה, עלו ארצה כחלוצים והצטרפו להסתדרות הפועל המזרחי.
הניע אותם רצון עז לחבר את ערכי הציונות לערכי התורה, לחבר בין רעיון למעשה, עבודת כפיים ותלמוד תורה. הם חתרו להגשים את רעיון תורה-ועבודה - לייסד קיבוצים דתיים שמקיימים את ערכי השוויון והצדק החברתי.
בוועידה השביעית של הפועל המזרחי, 1935, התאגדו חברי הקבוצות: רודגס, שח"ל, קבוצת אברהם, משמר השרון, רמת השומרון וקבוצת אריה, לארגון גג בשם "חבר הקבוצות של הפועל המזרחי" בשנת 1938 החליטו לאמץ את השם לשם המקובל עד היום "הקיבוץ הדתי, איגוד הקבוצות של הפועל המזרחי" ובקיצור – "תנועת הקיבוץ הדתי".
הקבוצה הראשונה של חלוצים דתיים מקבוצות רודגס, שח"ל ומכפר יעבץ עלתה על הקרקע באדמות א-זרעא בעמק בית שאן והקימה את קיבוץ טירת צבי ביוני 1937. קבוצת אריה עלתה לעמק בית שאן ב 1939 והקימה את הנקודה החדשה – קיבוץ שדה אליהו. ב 1940 עלו ראשוני קבוצת רודגס לאדמות ייבנה, ולאחר שנתיים של עיבוד האדמה ולימוד תנאי השטח עברה רודגס הותיקה והיתה לקבוצת יבנה. מרמת השומרון עלו בזה אחר זה אל הנגב המערבי והקימו נקודה חדשה בנגב שב 1945 עם המעבר של כל הקבוצה לנקודה החדשה – נקראה בארות יצחק. קבוצת כפר עציון שנוצרה מחברי השומר הדתי מפולין עלתה לנקודה בגוש עציון ב 1943. הגרעיון הצ'כי – עולים מצ'כיה, סלובקיה והונגריה, - גרעין משואות, מימש את משימת ההתיישבות השניה בגוש עציון ועלה לקרקע בנובמבר 1945 והיה לקיבוץ משואות יצחק. חודשיים וחצי לאחר התגבשו חברי קבוצת אמונים ובינואר 1946 עלו והצטרפו לשני קיבוצי עמק בית שאן והיו לקיבוץ עין הנצי"ב. כהשלמה לגוש עציון שבנגב נשלחו מספר חברים בוגרי חברת הנוער בטירת צבי יחד עם קבוצת ביריה והקימו ב 1946 את קיבוץ עין צורים. קבוצת בני עקיבא עלומים שהחלו את דרכם בהרצליה, עלו להתיישב בנגב ב 1947 והקימו את קיבוץ סעד. גרעין שלוחות שקיבלו את הכשרתם ברודגס, בשדה יעקב ובמוסדות עליית הנוער עלו ב 1948אל אדמות אשרפייה שבעמק בית שאן והיו לקיבוץ הרביעי בגוש עמק בית שאן- קיבוץ שלוחות.