מכינה יונתן היא מכינה ציונית- דתית לבנים ובנות, שהוקמה על ידי הקיבוץ הדתי והיא יושבת בקיבוץ עלומים המכינה משלבת תורה, עבודה קיבוצית וחברתית ועשייה קהילתית – התנדבותית. במסגרת הלמידה והפעילות משולבים הכנה לשירות הצבאי (נפשית וגופנית) ונושאי ציונות וידיעת הארץ.
פעילות המכינה מתבססת על אחריות החניכים לחיי הקבוצה ולעשייה: ללו"ז השבועי, ללמידה, לעבודה, להתנדבות, להכנה לצבא וכו'. המכינה מקמת בניית זהות וצמיחה אישית וקבוצתית של חברי המכינה ברוח ובמעשה של "תורה ועבודה", לקראת שירותם הצבאי והמשך חייהם כבוגרים ציוניים- דתיים בחברה הישראלית. החניכים לומדים וחיים את משנת תורה ועבודה, מעמיקים בתורה ובמשנת הציונות דתית, בהכרת וידיעת הארץ ומכינים עצמם לשירות צבאי משמעותי וחיים אזרחיים מעורבים ופעילים במדינת ישראל.
המכינה דוגלת בחזרה לדברים שהיו פשוטים וקצת נשכחו או נתערפלו בהכרה הציבורית: חשיבותה של התיישבות, ומאמצים לקיימה גם באזורי עימות- כמו עוטף עזה; חשיבותה של העבודה בכלל והעבודה החקלאית בפרט; השיבה שלנו- עם ישראל להיסטוריה, ומתוך כך אחריות לגורל של עמנו, הווה ועתיד ונכונות לקחת חלק בעיצוב של היסטוריה ; האחריות שלנו לכלל ישראל ולא למגזר זה או אחר. הכרה שהתורה שלנו לא תהא מוחלפת, אבל היא חייבת התחדשות וחיבור לחיים שלנו כאן ועכשיו, בעולם מודרני ופוסט מודרני, במציאות של חיי מדינה עצמאית לעם ישראל, בעידן טכנולוגי.
